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行政院農業委員會於民國75年6月27日劃設「淡水河紅樹林自然保留區」，保留淡水河口珍貴的生態棲地，區內具有一條穿越其間約500-600公尺的自然潮溝為獨特生態地景。林務局羅東林區管理處為保護位處台灣最北端的水筆仔天然紅樹林純林，淡水河域紅樹林生態棲地，依規定不得任意進入，凡未經主管機關許可任意進入自然保留區者，處3萬元以上、15萬元以下罰鍰。改變或破壞其原有自然狀態，為法定本刑死刑、無期徒刑或最輕本刑3年以上有期徒刑以外之罪；請業者及遊客切勿觸法。
「淡水河紅樹林自然保留區」緊臨台北大都會、交通便利，成為國內民眾探訪紅樹林秘境、泛舟、親水挑戰等遊程熱點之一，近來業者嗅到商機大力推廣，也造成民眾誤入保留區事件頻傳，除違法遭移送開罰外、更增加紅樹林自然棲地干擾壓力，載具的進入也造成水筆仔胎生小苗著生不易、甚至死亡。
羅東林區管理處台北工作站將秉持權責持續加強執行巡護工作，勸導勿入、擅入者移送開罰，呼籲民眾共同愛護生物生態棲地，維護自然生態環境與其平衡；期望自然保留區沒有築起高牆或圈起圍繩的無形界線，能劃設在每一位秉持尊敬自然的國人心中，愛護腳下這片獨一無二的土地及生長於其上的各種生命，達成劃設自然保留區的最終目標。
