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農糧署指出，天然災害之發生屬不可預期性，預算編列與常態性補助不同，尤以極端天氣造成複合性天然災害發生，不僅限豪雨，更多受到乾旱、暴雨、高溫、寒害等影響導致農漁作物受損，僅用豪雨標準判斷是否符合天然災害情事，與農業執行現狀不符。農業天然災害救助宗旨，係協助農民早日復耕復建，農委會近年陸續簡化救助程序，近年來天然災害發生的樣態與過往以颱風、豪雨為主的樣態有所不同，在作物特定生育期遭受連續性降雨、乾旱、高溫等天候也會導致作物產量受到顯著影響。本會公告符合天然災害救助品項均按照流程，針對有疑義的天然災害樣態召開專家會議認定，並針對符合氣象參數且具有客觀種植證明文件者者免勘查等措施，以從速從簡之原則辦理救助。
農委會表示，自111年開辦水稻收入保險，提高稻米產業競爭力，加速調整產業結構，獲得農民大力支持。第1期作投保件數達19.4萬件、投保面積15萬公頃，投保率達85%，理賠率達222%；另近年來農委會致力推動農業保險，截至111年10月底止，已開發27種品項、42張保單，協助農民分散經營風險，穩定農民收入，讓農民經營成果獲得完善的保障。
農糧署進一步說明，針對審計部提出核定面積情形，該署每4個月函請內政部地政司提供地籍資料，並以航照圖搭配電腦運算模式取得建物面積，以利救助系統勾稽申請救助之土地及面積資料，部分土地於救助系統勾稽之時，尚無異常情事，審計部係運用災害救助後之地籍資料查核，部分地籍資料已變動，故以為核定救助面積大於土地登記面積，其餘倘經公所現場勘查再次確認有未扣除建物面積者，公所仍應依法追回救助金；另現行救助系統已有檢核休耕農地是否申報救助功，該署已請相關地方政府督導公所追回不符合救助條件之救助金，並加強地方政府教育訓練。
農糧署說明，近年因氣候變遷，災害類型多元且發生頻率增加，加以基層公所人力有限且更迭頻繁，農民急於復耕，公所同時需受理民眾之申請及勘查受損之田區，絕大多數人員均能負責盡職完成救助工作。該署將持續與地方政府合作，加強辦理教育訓練，以提升相關同仁辦理救助業務之專業職能。