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小燕鷗(Sternula albifrons)為我國二級海洋保育類野生動物，每年4月從南半球飛來臺灣繁殖；至6月25日巢數統計，計有蘭陽溪口500巢、南澳溪口168巢，合計668巢。另外新城溪口則由無尾港文教促進會進行巡護工作，目前亦發現有14巢。
為避免人車進入小燕鷗繁殖區，干擾小燕鷗育雛，縣府於繁殖期間(每年4月至9月)在蘭陽溪南北岸、新城溪口及南澳溪南岸出海口小燕鷗繁殖區域進行圍設管制，並於6月中開始加強每日巡守工作。縣府呼籲民眾，保育類野生動物應予保育，不得騷擾、虐待、獵捕、宰殺或為其他利用，農業處已於小燕鷗繁殖區域設立圍籬，闖入管制區者將，處六月以上五年以下有期徒刑，得併科二十萬元以上一百萬元以下罰金。
縣府表示，小燕鷗喜歡成群活動，發現獵物會在空中定點後俯衝捕食小魚蝦。5至7月是牠們築巢繁殖的高峰期，喜歡在海邊開闊平坦或坡度平緩沙地、砂礫或卵石地群聚繁殖，簡單於地面挖一個淺坑，或選擇在裸露的植被沙地築巢。每巢產卵1-3顆，雌雄鳥輪流孵卵育雛，孵化期約三星期，雛鳥為早熟性約需20-24天長成，能獨立自主生活需一個月以上。
宜蘭縣野鳥學會從4月起進行小燕鷗繁殖調查計畫每週監測工作，調查人員利用上午或下午時段，進入巢區找尋鳥蛋，發現後會將鳥巢定位及記錄，並在距離約2公尺處插上號碼旗，以利後續追蹤。因為沙灘溫度高，為避免干擾小燕鷗親鳥為鳥蛋降溫，調查人員亦會避開正午12:00-14:00進入巢區，進入巢區後也必須在每個巢位記錄後儘速離開，降低對小燕鷗的干擾。
